植发的危害根据手术质量决定。如今由于移植体越来越小，移植数量越来越大，医师控制手术质量的要求也越来越高。
植发的危害常见有：
毛囊炎是毛发移植时感染导致，据报道，术后毛囊炎的发生率在1.1%~20%之间，且严重程度也不尽相同，从轻度的、表浅的、孤立囊肿到严重的、深部的、广泛分布的红斑及联合成片的表皮囊肿、脓肿，不论是供区还是受区，都可能发生感染。
疤痕是毛发移植术后常见的并发症之一。疤痕的明显程度一方面取决于疤痕组织本身的情况，另一方面取决于掩盖疤痕的能力。一条大的疤痕可以因为掩藏在浓密的头发中而变得不明显;而一条很细的疤痕却可以因为周围稀疏的毛发无法掩盖而变得非常明显。
暂时性脱发。受区的临时性脱发是非常普遍的，尤其是女性患者，但供区的脱发简要少见得多。主要表现为术后6周内开始的临时性脱发，沿着切口的上下缘分布，或者在FUE后的弥漫性脱发。这种脱发更像是生长期脱发，是毛发血供受到影响后的结果。当然，这种脱发风险在供区边界为疤痕组织的情况下，或者是主要的神经血管被意外地切断时，会大大增加。不过，毛发生长会在术后3~4个月开始，而米诺地尔的使用可以加速毛发的再生。
大多数植发的危害，都可以通过术前详细的计划及精细的手术技术避免。